Un día del mismo año 1935, Santa Faustina le escribió a su director espiritual: "Llegará un momento en que esta obra que Dios tanto recomienda parecerá como [si fuera] en ruina completa, y entonces, la acción de Dios seguirá con gran poder, que dará testimonio de la verdad. Ella [la obra] será un nuevo esplendor para la Iglesia, aunque haya reposado en Ella desde hace mucho tiempo" (Diario 378).
De hecho, esto sí sucedió. El 6 de marzo de 1959, la Santa Sede, por culpa de información errónea que le fue presentada, prohibió "la divulgación de imagines y escritos que propagan la devoción a La Misericordia Divina en la manera propuesta por Santa Faustina".
Como resultado, pasaron casi veinte años de silencio total. Entonces, el 15 de abril de 1978, la Santa Sede, tras un examen cuidadoso de algunos de los documentos originales previamente indisponibles, cambió totalmente su decisión y de nuevo permitió la práctica de La Devoción.
El hombre primariamente responsable por la revocación de esta decisión fue el Cardenal Karol Wojtyla, el Arzobispo de Cracovia, la diócesis en la que nació Santa Faustina.
El 16 de octubre de 1978, el mismo Cardenal Wojtyla fue elevado a la Sede de San Pedro bajo el título de "Papa Juan Pablo II".
El 7 de marzo de 1992, se declararon las virtudes de Sor Faustina "heroicas"; el 21 de diciembre de 1992, una curación por medio de su intercesión fue declarada "milagrosa"; y el 18 de abril de 1993, el Papa Juan Pablo II tuvo el honor de declarar a la Venerable Sierva de Dios, Sor Faustina Kowalska, "Beata".
El 10 de marzo del 2000, se anunció la fecha para la canonización después de ser aceptado el segundo milagro obtenido por su intercesión. El milagro fue la curación del Padre Pytel de una condición congénita del corazón, después de las oraciones hechas por miembros de la congregación de su parroquia el día del aniversario de la muerte de Santa Faustina, en Octubre 5 de 1995.
La Secretaria de la Misericordia de Dios fue elevada a los altares por el Santo Padre el 30 de abril del 2000, el Domingo de la Divina Misericordia. Es la primera santa que fue canonizada el el año jubilar 2000 y en el milenio.
En la biografía de Santa Faustina se cuenta, que el Señor le recordaba frecuentemente Su deseo que se establezca la Fiesta de la Divina Misericordia. Ella ofreció una novena por esta intención y el 23 de marzo de 1937, martes de Semana Santa, el séptimo día de la novena Santa Faustina tuvo la siguiente visión: "De pronto la presencia de Dios me invadió e inmediatamente me vi en Roma, en la capilla del Santo Padre y al mismo tiempo estaba en nuestra capilla... Yo tomé parte en la solemne celebración, simultáneamente aquí y en Roma... Vi al Señor Jesús en nuestra capilla, expuesto en el Sacramento de la Eucaristía en el altar mayor. La capilla estaba adornada como para una fiesta, y ese día todo el que quisiera, podía entrar. La multitud era tan grande que la vista no podía alcanzarla toda. Todos estaban participando en las celebraciones con gran júbilo, y muchos de ellos obtuvieron lo que deseaban. La misma celebración tuvo lugar en Roma, en una hermosa Iglesia, y el Santo Padre, con todo el clero, estaban celebrando esta Fiesta, y entonces súbitamente yo vi a San Pedro, que estaba de pie entre el altar y el Santo Padre... Entonces de repente vi como los dos rayos, como están pintados en la imagen, brotaron de la hostia y se extendieron sobre todo el mundo. Esto duró sólo un momento, pero pareció como si hubiese durado todo el día, y nuestra capilla estuvo repleta todo el día, y todo el día abundó en júbilo. Luego, vi en nuestro altar, al Señor Jesús vivo, tal como luce en la imagen. Luego, en un instante me encontré de pie cerca de Jesús, y me paré en el altar junto al Señor Jesús, y mi espíritu estuvo lleno de una felicidad tan grande...Jesús se inclinó hacia mí y dijo con gran bondad, ‘¿Cuál es tu deseo Hija mía’ Y yo contesté, ‘Deseo que toda adoración y gloria sean dadas a Tu Misericordia’. ‘Yo ya estoy recibiendo adoración y gloria por la congregación y la celebración de esta Fiesta: ¿Qué más deseas?’ Entonces yo miré a la inmensa multitud que adoraba la Divina Misericordia y le dije a Jesús, ‘Jesús, bendice a todos aquellos que están reunidos para darte gloria y venerar Tu infinita misericordia’. Jesús hizo la señal de la cruz con su mano y esta bendición fue reflejada en las almas como un rayo de luz" (Diario 1044-1049).
Muchos ven esta visión en respecto a la canonización de Santa Faustina. Jesús le mostraba a su apóstol los frutos de su trabajos y sufrimientos.
En 1997 el Papa Juan Pablo II hizo una peregrinación a la tumba de la Beata Santa Faustina en Polonia, le llamó "Gran apóstol de la Misericordia en nuestros días". El Papa dijo en su tumba "El mensaje de la Divina Misericordia siempre ha estado cerca de mi como algo muy querido..., en cierto sentido forma una imagen de mi Pontificado. "Podemos encontrar un paralelo entre los poderosos mensajes que Jesús revela a Santa Faustina: sobre la Divina Misericordia y a Santa Margarita: sobre la devoción al Sagrado Corazón. A través de ellas Dios nos manifestó y nos dio a conocer Su Misericordia encerrada en Su Sagrado Corazón.
Santa Faustina fue canonizada el 30 de abril del 2000, siendo la primera canonización del año jubilar.
